В 2021 году в структуре общей заболеваемости детей в возрасте до 14 лет, как и в предыдущие годы, первые места занимают болезни органов дыхания, пищеварения, болезни глаза, травмы, отравления, болезни нервной и костно-мышечной систем.
В целях раннего выявления тяжелых наследственных и врожденных заболеваний в рамках нацпроекта «Здоровье» с 2006 года проводится неонатальный скрининг на 5 наследственных и врожденных заболеваний. Неонатальный скрининг позволяет в первые дни жизни ребенка диагностировать заболевания, начать лечение, тем самым влиять на показатель младенческой смертности и инвалидизацию детей. За это время обследовано более 22 млн детей, выявлено более 17 тыс. детей с врожденными и наследственными заболеваниями. Особое внимание уделяется категории детей, страдающих редкими (орфанными) заболеваниями, приводящими к ранней инвалидизации и сокращению продолжительности жизни. Для поддержки таких детей создан фонд «Круг добра».
Актуальными направлениями работы с детским населением сейчас являются приобщение к принципам здорового образа жизни, рационального питания и активности, преодоление зависимостей, в том числе от гаджетов, детская безопасность (безопасное окно, безопасность в городе).